Pulsations - génomique

Des tests pour personnaliser les traitements médicamenteux

lbgb — Fri, 23 Sep 2022 10:31:46 +0000

Texte:

Clémentine Fitaire

L’efficacité et les effets indésirables possibles d’un médicament varient d’un individu à l’autre. Une analyse du profil génétique et du mode de vie permet de personnaliser les traitements et de mieux anticiper les réactions de l’organisme. Sachant que jusqu’à 50 % des effets secondaires liés aux médicaments pourraient être évitables, ces explorations peuvent être fortement recommandées.

Pour affiner les prescriptions, optimiser les dosages et contribuer à réduire les interactions médicamenteuses néfastes, deux tests sont proposés par le Service de pharmacologie et toxicologie cliniques. Le test pharmacogénomique analyse l’ADN et identifie d’éventuelles mutations génétiques responsables d’une activité diminuée ou augmentée d’enzymes du métabolisme, des protéines impliquées dans la dégradation ou l’activation de certaines substances médicamenteuses. Il est effectué au moyen d’une simple prise de sang, tout comme le test de phénotypage appelé Geneva Cocktail. Ce dernier mesure les facteurs génétiques, mais aussi environnementaux, comme la consommation de médicaments et substances, l’alimentation, l’exposition à la pollution… des paramètres pouvant influencer la transformation des médicaments par l’organisme.

Développé par le Service de pharmacologie et toxicologie cliniques et l’Université de Genève, le Geneva Cocktail se présente sous forme d’un comprimé-test contenant six substances médicamenteuses microdosées, chacune spécifique à une enzyme. Un prélèvement capillaire au bout du doigt quelques heures après la prise du comprimé permet de mesurer l’activité enzymatique. « Contrairement au test génétique déterminé pour la vie, le test phénotypique mesure l’activité réelle de ces enzymes à l’instant T et les résultats peuvent varier au cours du temps. Il nous donne donc une image beaucoup plus précise de la réalité pour le patient ou la patiente », précise la Pre Caroline Samer, médecin adjointe agrégée, responsable de l’Unité de pharmacogénomique et thérapie personnalisée.

Quand proposer ces tests ?

Les médecins installés en ville peuvent adresser à cette unité leurs patients et patientes présentant des effets indésirables récurrents ou une résistance à un traitement, afin d’effectuer ces deux tests en ambulatoire. Les personnes âgées ou polymédiquées sont particulièrement concernées par ces problématiques. « Nous commençons aussi à recevoir, de façon préventive, les membres de la famille de personnes chez qui une spécificité a été identifiée. Ces tests enzymatiques sont également utilisés avant de débuter certains traitements oncologiques particulièrement toxiques, afin de définir au mieux la dose », note la Pre Samer.

Les résultats des tests sont conservés dans le dossier médical informatisé de la personne, à laquelle sera remise une carte pharmacogénomique personnalisée indiquant les médicaments à prendre avec prudence ou à éviter. En effet, en fonction des résultats obtenus, une surveillance particulière et une attention dans la délivrance des traitements peuvent être primordiales. Les médecins de famille et la pharmacie de référence sont ainsi informés des recommandations nécessaires pour vérifier et adapter les prescriptions si besoin. « Comme c’est le cas pour une allergie, le patient ou la patiente doit également connaître son profil pour devenir partenaire de cette vigilance », ajoute la Pre Samer.

Une problématique de taille

Quelque 5 à 10 % des hospitalisations en Suisse impliquent des problèmes liés aux médicaments prescrits. Une réalité qui a mené ces dernières années à une forte prise en considération des questions de pharmacogénomique et de pharmacovigilance. « Ces aspects sont désormais bien intégrés aux cursus pré et post-gradués des médecins et des pharmaciens et pharmaciennes. Un MOOC spécifique à la médecine de précision est par ailleurs proposé par l’Université de Genève », souligne l’experte.

Enfin, la Journée mondiale de pharmacologie clinique (World Smart Medication Day), organisée chaque année en mai, est l’occasion de sensibiliser le grand public à la question de la sécurité de la médication.

Quelques chiffres

Les effets indésirables médicamenteux sont la 4e cause de mortalité aux États-Unis
5 à 10 % des hospitalisations en Suisse présentent des problèmes liés aux médicaments prescrits
20 à 50 % de ces effets indésirables sont évitables
La moitié des personnes de plus de 65 ans va recevoir, d’ici 4 ans, un traitement qui pourrait être optimisé par les tests pharmacogénomiques

Adresser un patient ou une patiente pour un test :
Unité de pharmacogénomique et de thérapie personnalisée
Rue Gabrielle-Perret-Gentil 4
1205 Genève
Tél. : 022 372 99 32

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La révolution génomique au cœur des soins

admin — Mon, 01 Apr 2019 11:13:20 +0000

Texte:

André Koller

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Bogsch & Bacco - Julien Gregorio

Inauguré en février, le Centre de génomique médicale offre une lueur d’espoir pour les patients en errance diagnostique ou dont les traitements ne sont pas efficaces.

Mardi 15 janvier, 10h, visioconférence, bâtiment Gustave Julliard. Les stores s’abaissent en silence derrière l’immense baie vitrée et plongent la salle dans une douce pénombre. Le projecteur s’allume. Un dossier médical s’affiche sur l’écran grand comme une toile de cinéma. Les visages de la quinzaine d’experts réunis autour de la table en V se nimbent de lumière bleue. «Voilà. Commençons!», s’exclame le Pr Marc Abramowicz, médecin-chef du Service de médecine génétique. Le premier genome board des HUG vient de démarrer.

Un genome… quoi? En fait, il s’agit d’un colloque interdisciplinaire où généticiens et spécialistes cliniques unissent leurs compétences pour débusquer le gène responsable d’une maladie, souvent rare. En cas de succès, le patient suivra un traitement adéquat ou, au minimum, mettra un nom sur sa pathologie, après des années d’errance médicale.

Pour comprendre la portée novatrice de cette séance inaugurale et mesurer le chemin parcouru, un retour dans le temps s’impose. Pas de beaucoup. Une vingtaine d’années. Souvenez-vous, au tournant du millénaire, après dix ans de travaux, l’ADN humain est décrypté de A à Z pour la première fois. Un nouveau continent biologique est cartographié.

Avancée fulgurante

Le hic au départ? Le coût: près d’un milliard de dollars. Mais l’histoire ne s’arrête pas là. Les progrès sont rapides. Dix ans plus tard, arrive le séquençage à haut débit. Si bien qu’aujourd’hui, la lecture complète d’un ADN prend trois semaines et coûte environ quatre mille francs. La progression est vertigineuse. Un peu comme si vingt ans après l’alunissage d’Apollo 11, des charters mettaient à portée de toutes les bourses un week-end romantique sur la Lune.

Ce développement fulgurant a posé les bases d’une véritable révolution médicale. Au fil des ans, par recoupement et analyse des bases de données biomédicales, les chercheurs découvrent les liens entre des mutations génétiques et des maladies. «À ce jour, des mutations dans quelque 4’000 gènes sont reliées à plus de 7’000 maladies. Et on trouve chaque année 200 nouveaux gènes dont l’altération est la cause d’une pathologie», se réjouit le Pr Abramowicz.

Un cas sur trois résolu

Pour que les personnes atteintes d’une maladie génétique bénéficient de ces nouvelles connaissances, les HUG ont inauguré en février 2019 le Centre de génomique médicale (CGEM). «Pour l’instant, sont traitées uniquement les affections monogéniques. C’est-à-dire celles causées par un seul gène défectueux. Elles concernent environ 5% des patients. Parmi ces derniers, certains n’ont pas le bon diagnostic et donc pas les bons traitements. D’autres, pas de diagnostic du tout. Les genome boards pilotes menés en 2018 ont résolu un tiers des cas examinés», poursuit le généticien.

Alors que les médias bruissent des annonces de laboratoires privés – outre Atlantique ou plus près de chez nous – promettant le Graal sur la base d’un simple frottis buccal, pourquoi créer un centre? Le Pr Abramowicz met en garde contre les miroirs aux alouettes: «La génomique est une science nouvelle et complexe. Les résultats d’une analyse de l’ADN contiennent encore beaucoup d’erreurs, d’inconnues et d’incertitudes. Pour en tirer autre chose que quelques vagues probabilités, il est indispensable de travailler avec les médecins.»

Et c’est là qu’interviennent les genome boards. Organisés dans le cadre du CGEM, ils ont lieu tous les mardis avec, à tour de rôle, quatre spécialités: la pathologie hépatobiliaire, l’oto-rhino-laryngologie, le neuro-développement et la cardiologie. À terme, le Pr Abramowicz souhaite les étendre à toutes les spécialités des HUG et les ouvrir aux praticiens de ville. Concrètement, ces colloques interdisciplinaires réunissent des spécialistes cliniques, pathologistes, radiologues, biologistes, bio-informaticiens et, bien entendu, généticiens autour d’une dizaine de cas difficiles ou non résolus. Soit environ 400 cas par année. «Nous n’examinons pas tout le génome, mais un panel de gènes de l’exome. En moyenne, plusieurs centaines de gènes. Après un premier tri, il reste une dizaine de candidats, qui seront présentés aux genome boards. La discussion avec les experts cliniques est indispensable pour trouver le coupable. Comme dans une enquête de police, on confronte les indices – le tableau clinique du patient – avec les profils des suspects, soit les gènes incriminés», illustre Eva Hammar Bouveret, biologiste et coordinatrice du CGEM.

Vers une médecine prédictive

Les genome boards sont au cœur de l’activité du CGEM. «Avec ce centre, nous faisons autrement et ouvrons à tout l’hôpital des prestations que la médecine génétique proposait déjà dans certaines disciplines de pointe (Consulter La génétique au service des cancers et Trouver les causes de la déficience intellectuelle). L’objectif est aussi de nous préparer aux importantes évolutions à venir en médecine prédictive et personnalisée», souligne le Pr Abramowicz. La première concerne essentiellement les maladies polygéniques, causées par des mutations dans plusieurs gènes. Comme l’infarctus, le diabète ou encore la sclérose en plaques. Dès lors, cela concerne 30% des patients touchés et non plus 5%. La seconde prévoit d’affiner les diagnostics classiques en fonction des caractéristiques génétiques de la pathologie.

Pour répondre à ces défis, le CGEM prépare la prochaine grande étape: le séquençage complet du génome au lieu des panels actuels. «Le CGEM constitue un investissement au départ. Mais à l’arrivée, si on évite une errance médicale à de nombreux patients et qu’ils reçoivent plus vite les bons traitements, on peut économiser jusqu’à 90 % des coûts de la santé», conclut le Pr Abramowicz.

Glossaire

GÉNOME : totalité de l’information génétique d’un individu. Une moitié est transmise par la mère. L’autre, par le père.

ADN : matériel sur lequel le génome est écrit.

GÈNE : unité de base du génome. En clinique, seuls les gènes qui codent des protéines sont examinés.

GÈNE RÉCESSIF : gène qui ne s’exprime que s’il est contenu à double dans le génome. Autrement dit, si le gène transmis par la mère et le père sont identiques

EXOME : La partie du génome qui code pour les protéines. Elle ne représente que 1,3% du génome.

SÉQUENÇAGE À HAUT DÉBIT : Méthode décryptant simultanément des milliers de fragments d’ADN. Le séquençage à haut débit est infiniment plus rapide que la technique classique (méthode de Sanger). Utilisé dans la recherche depuis 2000, son application clinique et diagnostique a démarré il y a moins de dix ans.

Du gène à la protéine

D’un point de vue clinique, seule la partie du génome appelée exome est intéressante. Car elle contient les gènes utilisés pour fabriquer des protéines. Comment? Les protéines sont des longues chaînes d’acides aminés, un genre de molécule dont il existe environ 500 variétés différentes. L’organisme en utilise vingt. Il les désigne chacun par un nom propre composé avec les lettres de l’ADN: A, T, C et G. Un gène n’est en fait rien d’autre qu’une liste de ces noms, énumérés comme sur une liste de commissions. Lorsqu’une cellule en reçoit une copie, elle l’utilise pour assembler les acides aminés dans le bon ordre, un par un. Une fois constituée, la chaîne se replie et forme une protéine, soit un objet tridimensionnel possédant certaines propriétés physicochimiques. Comme par exemple celle de pouvoir transporter du glucose jusqu’au cerveau (c’est la protéine GLUT-1).

L’ADN est recopié des milliards de fois. Ce processus n’est pas à l'abri d’erreurs: des noms peuvent être effacés, intervertis, mal «orthographiés», etc. Lorsque cela arrive des acides aminés manquent ou ne sont pas à leur place. Dans ce cas, la chaîne se replie mal, les propriétés de la protéine sont perdues ou déficientes et cela cause une maladie. On parle alors de mutation génétique. Par exemple, si GLUT-1 est mal conformée, le cerveau ne reçoit pas de glucose et la personne souffre d’une forme rare d’épilepsie.

Le genome board est un colloque interdisciplinaire où généticiens et spécialistes cliniques unissent leurs compétences pour débusquer le gène responsable d’une maladie, souvent rare.

Dossier génomique

La révolution génomique au coeur des soins
La génétique au service des cancers
Trouver les causes de la déficience intellectuelle
Maladies rares : prise en charge en réseau
Expliquer simplement la complexité

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Pour en savoir plus sur…

admin — Mon, 01 Apr 2019 08:36:49 +0000

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Médecine génomique

Le génie des gènes: la génomique au service de la santé et de l’environnement
Lauriane Geffroy, Pierre Tambourin
Le Cherche Midi, 2017
La génomique et l’avènement des biotechnologies permettent le développement de thérapies innovantes. Elles accompagnent aujourd’hui l’essor d’une nouvelle médecine, prédictive et personnalisée. Cet ouvrage fournit de nouvelles clés de compréhension de la génétique et aborde les questions éthiques et sociétales soulevées par les biotechnologies de demain.

La thérapie génique: de la genèse d’une thérapie innovante à l’ADN médicament
Louis Buscail
Grancher, 2017
Ce livre expose simplement les bases moléculaires et médicales, ainsi que les outils et les applications de la thérapie génique. Un ouvrage qui met à portée du grand public cette thérapie complexe et ses enjeux.

Info maladies rares
Le portail romand d’information sur les maladies rares

Hypnose

J’ai envie de comprendre… L’hypnose
Yseult Théraulaz, Adriana Wolff, Eric Bonvin
Planète Santé, 2016
Reconnue et utilisée à des fins médicales et thérapeutiques dans les hôpitaux, dont les HUG, ou par des praticiens indépendants, l’hypnose rencontre toujours plus de succès. Ce petit guide lève le voile sur la transe hypnotique et vous explique ce qu’elle est et comment elle agit sur l’inconscient.

Vaincre la douleur par l’hypnose et l’auto-hypnose
Christine Cazard-Filiette, Chantal Wood, Antoine Bioy
Vigot, 2016
Cet ouvrage fait le point sur les connaissances actuelles disponibles sur l’hypnose et ses applications pratiques au quotidien pour les personnes confrontées à l’expérience difficile de la douleur.

Les vaccins

Les vaccins et la vaccination: 100 questions/réponses
Questions de patients, réponses de médecins
Vincent Le Moigne
Ellipses, 2017
Une explication des enjeux, des principes, de l’histoire et de la nature de la vaccination sous forme de réponses à une centaine d’interrogations. L’ouvrage éclaircit ainsi le fonctionnement de l’immunisation, les découvertes de Louis Pasteur et les dernières méthodes de création vaccinales.

Qu’est-ce que la vaccination?
Vidéo pédagogique
Universcience, 2017
Vidéo d'information : Qu'est-ce que la vaccination ?

Parler de son cancer à son enfant

Comment parler du cancer d’un jeune parent à son enfant
Léa Ganzel
Josette Lyon, 2014
Un guide accessible à tous, avec de nombreux conseils pratiques pour parler aux enfants du cancer de leur parent, expliquer les traitements ou répondre à leurs inquiétudes.

Un membre de ma famille a le cancer
Vidéo pour les enfants et les parents
Lundbeck Canada, 2012
Vidéo d’animation dont l’objectif est d’aider les enfants à mieux comprendre le cancer lorsqu’il survient dans leur famille.

Le rein

Le rein a bon dos: petit traité sur un organe aux mille fonctions
André Giordan
Lattès, 2017
On a longtemps ignoré le véritable rôle du rein. Ce livre remédie à cet oubli: véritable tour de contrôle de notre corps, ce petit organe débarrasse le sang de ses déchets et régule les principales activités vitales.

Bien vieillir

J’ai envie de comprendre… Comment mieux vieillir
Christophe Büla, Elisabeth Gordon
Planète Santé, 2018
Ce livre explore les différentes facettes du vieillissement. Nous pouvons agir pour rester en forme plus longtemps: en nous alimentant sainement, en ayant des activités physiques ou encore en entretenant un réseau social.

Contact

Bibliothèque de l’Université de Genève
Centre médical universitaire
Avenue de Champel 9
1206 Genève
Lu-ve : 8 h-22 h et sa-di : 9 h-18 h
E-mail : biblio-cmu-cds@unige.ch
Tél : 022 379 51 00

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Génomique médicale : Une avancée majeure dans le diagnostic

admin — Mon, 04 Feb 2019 15:54:51 +0000

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Pulsations

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Pulsations

Dans son magazine TV de février 2019, Pulsations se penche sur le Centre de génomique médicale.

Le génome est le patrimoine génétique qui fait fonctionner notre corps. Le séquençage complet du génome humain a permis de connaître les 20 000 gènes qui le composent.

Les HUG créent un Centre de génomique médicale : une structure transversale qui réunit les expertises de différents professionnels de la santé sous forme de colloques interdisciplinaires.
Ces colloques appelés les « Genomeboards » permettent de rassembler les médecins cliniciens et généticiens, pour un diagnostic plus précis et une prise en charge adéquate.

Le centre de génomique médicale met en place une consultation de conseil génétique. Informer le patient et sa famille des enjeux de l’analyse de l’entièreté de son patrimoine génétique est un élément décisif durant la prise en charge.

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Coup d’accélérateur pour la médecine personnalisée

admin — Fri, 21 Jul 2017 15:18:40 +0000

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André Koller

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Nicolas Schopfer

Avec l’ouverture du premier centre de génomique de Suisse à Genève, l’arc lémanique mérite plus que jamais le surnom de « Health Valley ». Equipé de séquenceurs à haut débit ultraperformants, le centre doit répondre à la demande exponentielle de décryptages d’ADN et accélérer l’avènement de la médecine individualisée.

La santé est à l’aube d’une révolution. La connaissance de l’ADN joue un rôle croissant en médecine. Dans un très proche avenir, le traitement de pathologies comme les cancers, le diabète, voire l’obésité, passera par la lecture du code génétique du patient, de sa tumeur ou de sa flore intestinale. Certains scientifiques affirment que le décodage du génome – soit l’ensemble du matériel génétique d’un individu – pourrait même devenir dans une dizaine d’années un examen de routine, à l’instar des prises de sang.

« Big data »

Cette masse d’informations va venir grossir le flot mouvant et dynamique des données numériques produites en quantités massives par la société : le fameux « big data ». Ce dernier forme peu à peu un reflet virtuel du monde réel. Constituant un véritable pendant numérisé de millions d’individus, il comprend leurs paramètres biologiques, données de santé, déplacements, comportements sociaux, habitudes alimentaires, données environnementales, etc.

L’ADN numérisé de populations entières sera ainsi intégré à un univers digital structuré, calculable et configurable à volonté. Cette perspective ouvre un champ d’expérimentation totalement nouveau, d’une richesse inouïe et à la portée des clics des scientifiques du monde entier. C’est de là que pourra émerger, dans les années à venir, une pratique médicale personnalisée et prédictive, selon les spécialistes.

Arc lémanique à l’avant-garde

En créant, au Campus Biotech à Genève, le plus important centre de génomique de Suisse, l’Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL), l’Université de Genève (UNIGE) et les HUG se situent résolument à l’avant-garde de cette révolution. En effet, si le centre doit répondre à la demande croissante de séquençages d’ADN, son objectif est également de favoriser l’avènement de la médecine de précision, pierre angulaire de la santé personnalisée. « Le centre a aussi pour mission d’élaborer des méthodes d’analyse de données, de mener des projets de recherche translationnelle et de former des chercheurs et des cliniciens dans ces nouvelles disciplines. Un clinical board, composé de délégués de chaque hôpital universitaire suisse, assure la validité tant des méthodes que des équipements », souligne le Pr Manolis Dermitzakis, directeur du centre de génomique et professeur de génétique à la Faculté de médecine de l’UNIGE.

ADN et ARN

Dès cet été, les séquenceurs du centre de génomique vont décrypter quelque 60 à 80 génomes entiers en moins d’une semaine. « Les services médicaux ne vont pas pour autant renoncer au séquençage de gènes spécifiques. Il est question ici de très gros volumes et de génomes entiers. A noter que le centre analysera également l’ADN des tissus cancéreux et du microbiote, soit les micro-organismes dont les individus sont porteurs », précise le Pr Denis Hochstrasser, chef de l'ancien département de médecine génétique et de laboratoire aux HUG et vice-recteur à l’UNIGE.

Ethique pas oubliée

Les aspects éthiques n’ont pas été oubliés, précise le Pr Jacques Fellay, professeur à l’EPFL et au CHUV et codirecteur du centre de génomique : « Nous voulons aussi nous assurer que chaque étape vers une médecine plus précise, intégrant le décryptage du génome individuel, bénéficie aux patients, respecte le cadre légal en vigueur et s’inscrit dans un dialogue permanent avec la société. »

Le Campus Biotech à Genève abrite désormais le centre de génomique.

Séquenceur à haut débit de dernière génération.

Le Pr Manolis Dermitzakis, professeur de génétique à la Faculté de médecine de l’UNIGE, est le directeur du nouveau centre de génomique.

Mots clés:

Futur leader européen

A terme, le centre de génomique de Genève va employer au moins une quarantaine de collaborateurs, dont une quinzaine de bioinformaticiens. De plus, il coordonnera les travaux de centaines de cliniciens et chercheurs de Suisse pour faire progresser la recherche et la pratique clinique en matière de génomique. Hub national en génomique, il a pour ambition de devenir un leader en Europe dans ce domaine. Son lancement a bénéficié de l’important soutien financier d’une fondation genevoise.